1992年，日政府在关西的筑波建立国际哥斯拉对策中心世界科技精英共聚一堂，合力研究一部G超武器—机械哥斯拉。以大前博士为首的考察团到达亚度诺亚岛时，发现了一只完整无缺的蛋。当团员把蛋带回京都时飞翼龙拿顿出现并攻击考察团一行人。这时哥斯拉亦在亚度诺亚岛出现，两只怪兽由海上战斗到陆上……