Thomas获肥控制员派到蓝山石矿场工作，发现陌生的小火车Luke躲在山上的洞穴，Luke告诉Thomas一个惊人秘密：原来他初到索多岛那天因抢先上岸，竟使同行的黄色火车掉进海裡，凶多吉少！Luke害怕被逐出索多岛，于是一直躲藏起来。为了助新朋友重获自由，Thomas决定要查明这宗古怪事件…